确保人类生存下去的重任全都落在Tom和Lexi肩上，他们必须击败Tom的死敌并设法摧毁Espheni的能量核心才能获得成功。与此同时，一种新型的、更加可怕的Espheni炸弹被投向第二独立团藏身的中国城，第二独立团的成员全都失去了行动能力，只能乖乖地束手就擒，等待他们的将是「被改装成人类突击者」的厄运。