允贤恭送祁钰，祁钰在扶起允贤的同时在她耳边说：他（朱祁镇(霍建华 饰)）对你可真不一般。随后祁钰将允贤禁足万安宫中。当晚有很多人找大夫看病，次日京城有众多人染上瘟疫暴病而死。祁钰安排汪国公(张柏俊 饰)处理此事。曹吉祥怂恿祁钰借瘟疫处死孙太后(何晴 饰)的亲信白晋得到祁钰的首肯。村霞奉命在城中发放绿豆汤，可是白晋知道祁钰想借机除了自己便阳奉阴违打砸药锅，从城外锁住大门造成更大的恐慌。于东阳把此事上报祁钰，皇后提议逃到太液岛避难，祁钰采纳。皇后派了心腹去接允贤。哪知允贤上船后划船的太监受皇后指使把船停在湖中央，然后他凿穿船底，厮打中允贤和绿香相继落水。危急时刻岸边有路过的医女投下绳索救起她们。随后允贤和医女们赶去太医院查看，发现是黑脖子病并指出大黄可以治疗此病。村霞打算挨家挨户发放大黄可是人手不足，于东阳和杭纲带来侍卫帮忙发放药品。祁钰不顾曹吉祥的安全命令他回宫中掌控大局引起曹吉祥的不满。城中，太医院、允贤、医女等人共同在城中控制疫情。此时有人被痰卡住喉咙无法呼吸，允贤要帮她吸痰，被李三救出的朱祁镇制止。他用手抠出痰。朱祁镇在这里指挥着大家控制疫情，此时的他俨然就是大家的主心骨。因为此病是因老鼠泛滥而起就又吩咐人去灭鼠，抓住了白晋，还派石亨控制住那些趁机抢劫的盗贼。大家忙碌到了半夜，朱祁镇悄悄给疲惫不堪靠在栏杆边睡着的允贤披衣，让允贤从大家都死了的噩梦中惊醒。他安慰了允贤让她继续休息，允贤转过头隐藏落下的眼泪。次日很多百姓身体好转，允贤和村霞比试起太医院和医女谁救助的病人最多。于东阳给祁钰送来奏折说疫情已控制。允贤身体不适，朱祁镇用手放允贤额头查看是否发烧，被祁钰撞见。后经村霞诊断允贤已有两个月的身孕。